尼尔和尤娜在逃亡中，在新宿的超市里被崩坏体袭击。尼尔为打开困局，反而主动选择灵魂体化。
尼尔保有了自我意识，灵魂体化成功。
尤娜也因事故而灵魂体化，开始变成崩坏体。
哈姆尔恩机关接触Nier。以「只要冷冻尤娜，1000年后病就会从世界上消失了」来说服尼尔。免费让尤娜冷冻1000年，与之交换的是尼尔提供魔素（使灵魂体化的灵魂保持自我的魔素）
【2764】
保持系统运行以及持续回收魔素的复制体，逐渐萌发了意识。
最初是像小孩般的意识，但迅速发展，变成接近大人的思考方式。
【3276】
红眼复活
【3287】
狂暴化怪物被歼灭
【3288】
由于世界得到净化，灵魂体觉醒。但是产生了自我意识的复制体把他们称为「魔物」，视为要夺走自己的RouTi的敌人。
复制体和灵魂体的交战开始
【3300前后】
灵魂体为了返回复制体的身体，把希望放在黑之书计划中的「复活仪式」上。
在此期间，即使吸收了尼尔的魔素，灵魂体中也开始出现凶暴化崩坏体。
这时，1000多年来持续提供魔素的灵魂体尼尔开始发觉到如此下去尤娜不会复活的事实。
【3465】
复制体尼尔和妹妹尤娜生活在一个村子里
为了寻回外出找月之泪的妹妹，尼尔在石之神殿获得白之书
为治好尤娜的黑文病，尼尔到处寻找封印之言
尼尔遇见凯妮埃米尔
魔物进攻村子，魔王掳去尤娜，白之书拒绝与黑之书结合
凯妮被石化
五年后
埃米尔成为最终兵器，解封凯妮
尼尔相继获得五块石板，进入魔王宫殿
尼尔击败作为司祭的人造人，以及迪波拉，BoBo拉。埃米尔牺牲，只剩下了一个头。
尼尔击败黑之书，魔王。白之书消失。灵魂体尤娜消失。
尼尔用自己存在的证明换回凯妮生命。
【3473】
复制体尼尔再次被创造出来，但是旧东京管理区域fu务器消失。
【34XX】
复制体尤娜因黑文病死亡。
【34YY】
由于稳定灵魂体的灵魂体尼尔死亡，剩下的灵魂体开始全部崩坏。
【34ZZ】
复制体系统停止，复制体全部死亡。
【4198】
人造人在这几百年里一直mo索人类的复活方法，但都一一失败，随着最后一个灵魂体的死亡，人类彻底灭绝。人造人将人类的一部分遗传基因保存在了月球的fu务器上。
【5012】
外星人入侵，并创造了机械生命体。
【5204】
人造人从卫星轨道开始实施地球降下作战。此后的6000年时间里，人造人与外星人展开了长期战斗，期间最终兵器埃米尔投入战斗。
随着机械生命体不断自我进化，机械生命体最终将自己的造物主外星人灭绝。
人造人为了提升士气，掩盖人类灭绝的事实，伪造了尤尔哈计划，设立地堡，建立尤尔哈部队。
【11942】
高性能人造人9S投入作战
【11945】
3月10日，第243次降下作战，剧情正式开始。
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