这个雨林的生物多样化相当出色，聚集了250万种昆虫，上万种植物和大约2千种鸟类和哺rǔ动物，生活着全世界鸟类总数的五分之一。有的专家估计每平方公里内大约有超过75000种的树木，15万种高等植物，包括有9万吨的植物生物量。科学家指出，单单在巴西已约有96,660至128,843种无脊椎动物。亚马孙雨林的植物品种是全球最多种性的，有专家估计，1平方千米可能含有超过75,000种树及150,000高级植物，1平方千米可含有90,790公吨存活的植物。亚马孙雨林是全世界最大的动物及植物生境。全世界五分之一的雀鸟都居住于亚马孙雨林。现时，大约有438,000种有经济及社会利益的植物发现于亚马逊雨林，还有更多的有待发现及分类。
森林砍伐
20世纪60年代，巴西迅速增长的人口定居在亚马孙热带雨林的各主要地区。居民伐林取木或开辟牧场及农田，致使雨林急遽减少。90年代，巴西政府及各国际组织开始致力保护部分雨林免遭人们侵占、开辟和毁坏。
自1970年到2014年的40余年间，盗采乱伐现象已使近76．3万平方公里的亚马孙雨林消失殆尽，面积相当于大约两个德国。[7]
亚马孙热带雨林作为世界上最大的雨林，具有相当重要的生态学意义，它的生物量足以吸收大量的二氧化碳，保护亚马孙热带雨林已经成为一个重要的论题了，亚马孙热带雨林依靠亚马孙河流域非常shi润的气候，亚马孙河和她的100多个支流缓慢地流过这片高差非常小的平原，河岸旁的巴西城市马瑙斯距离大西洋有1600公里，但海拔只有44米。
一些环境学家提出保育雨林不单只有生物学上的动机，亦有其经济动机。若以可持续方式耕作水果、橡胶及木材，每1公顷的秘鲁亚马孙雨林价值约US$6820；若以非持续性方式耕作商业木材，则值约US$1000；若将林地改作牧草场，则只值US$148，但这个假设被广泛地质疑。
巴西空军一直以沂来利用巴西航空工业公司（Embraer）R-99监察机监测亚马孙雨林，此为SIVAM计划的一部份。于2004年7月的一个会议上，科学警告雨林将不能够维持以往每年吸收以百万吨计的温室气体，原因是雨林遭破坏的速度正在加剧。单单于2003年，已有9,169平方英里的雨林被砍伐了。
单单在巴西，超过90个原住民部族于1900年代被殖民主义者摧毁，数百年来累积对雨林物种医学价值的知识亦随之散失。由于领土持续被森林砍伐破坏及生态灭绝，例如秘鲁亚马孙，本土的部族不断地消失。
据巴西国家地理统计局的数据显示，亚马逊地区每年遭到破坏的雨林面积达2蝇万3000平方公里。在过去30年中，这一世界上最大的雨林区的1/6已遭到严重破坏。如果亚马逊的森林被砍伐殆尽，地球上维持人类生存的氧气将减少1/3。[8]
洪水泛滥
亚马孙河季节性的降雨使亚马孙河和其支流经常泛滥，在雨季河道平均深达40米，宽展到平均38公里，从11月份开始涨水，直到第二年6月份，然后回落到10月份。其支流内格罗河的涨落和干流还不在同一时间，雨季是从2月或3月开始，涨到6月开始和主干流一起回落。另一个支流马代腊河的涨落要比主流提前两个月。
在雨季里，亚马孙河淹没了几十万平方公里，洪水深度在有些地方比旱季水位最低时高出12-15米，在伊基托斯附近高出6米；在泰弗附近是15米；在奥比多斯附近是11米，在帕腊河是4米。
气候转变
有证据显示亚马孙雨林的植被在过去21,0000年，经历末次盛冰期（lastglacialmaximum，简称LGM）及冰蚀期（deglaciation），出现了重大的变化。
析过亚马孙盘地古湖（paleolake）及冲积扇中的沉淀物，显示出盘地在末次盛冰期的降雨量比现时的为少，这几乎可以肯定是因为盘地潮shi的热带植被减少所造成。对于当时植被减少的广泛程度，科学家有不同的争论。有科学家认为雨林萎缩至细小及分离的物种遗区（refugium），被空旷的森林及草原分隔着；有科学则认为雨林依然完整，只是北部、东部及南部没有shen延至如现时的这么远。这个争论实难以解决，原因是雨林研究工作实际上的限制，意味着数据取样可能与中央的亚马孙盆地出现偏差。以上两个的见解，都有合理的数据支持。电脑模拟预测未来因温室气体排放所造成的气候变化，显示在降雨量严重减少及温度上升的情况下，亚马孙雨林可能无法维持，导致盆地上的雨林于2100年后几乎完全消失。但是，不同的亚马孙盆地气候模型得出不同的降雨量估计结果，由轻微上升至严重下跌的结果都有。结果指示出雨林在21世纪可能受到气候转变及去森林化的危害。
干旱影响
2005年，亚马孙经历100年来最严重的干旱，正踏入连续第二年干旱。2006年7月23日，英国《独立报》网站报道，林洞研究中心（WoodsHoleResearchCenter）总结指出，由于大量砍伐森林，导致亚马孙河干旱，迅速将整个地区推向一个“引爆点”（原文：tippingpoint），届时雨林将无可挽回地开始死亡。森林已站在沙漠化的边缘，将对全球气候带来灾难性影响，世界可能灭亡。
全球暖化
环境学家所忧虑到的不单是森林遭破坏后对生物多样性的损害，更忧虑到森林遭破坏后植物所释出的碳元素可能会加速全球暖化。
亚马孙雨林的常绿森林占全球陆地主要碳元素产量的10%及生态系统碳元素储存量的10%—约为1.1x1011公吨碳元素。于1975年至1996年间，亚马孙雨林的每1公顷面积每1年估计积存达0.62±0.37吨碳元素。因火灾而对亚马孙雨林造成的去森林化，使巴西成为其中一个温室气体排放量最高的地方之一。巴西每年排放约3亿公吨二氧化碳，当中2亿来自砍伐及焚烧亚马逊雨林。
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