病菌主要以菌丝体潜伏在种皮内越冬，也能在病株残体及种用根的残体上越冬。种皮内的病菌可存活1年多。在条件适宜时，病菌在种皮及病株残体上形成分生孢子器和分生孢子。主要借风、雨传播，牲畜、农具、农事活动也能传播，有时根部接触也能传播。带菌种子可作远距离传播。在有水滴的情况下，分生孢子萌发长出芽管，从气孔或直接穿透寄主表皮侵入体内。侵入后菌丝在寄主细胞内蔓延、发育，最后表现症状并在病斑上产生分生孢子器及分生孢子进行再次侵染。
病菌在低温下发育良好，小斑型病菌最适温度为20℃～25℃，超过25℃生长渐缓，大斑型病菌最适温度为22℃～27℃，超过27℃则生长较慢。两种病菌分生孢子萌发的温度范围是9℃～28℃。因此，斑枯病在温度冷凉、多雨或湿度大（最适湿度95%以上）条件下发病严重。在天气干旱，芹菜生长不良，晚间又有露水的情况下，病害也能发展。温室芹菜温度易满足，在灌水过多、放风排湿不及时、棚内昼夜温差大、结露多时，均能诱发斑枯病的严重发生。另外，温度过高或过低、窝风、排水不良、缺肥时，对芹菜生长不利，抗病力下降，病害也会加剧。
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