宋代以来，内丹学在发展中产生出许多流派，功法逐步达到炉火纯青的境界。要之．成熟的内丹学，由吕洞宾、陈拎、刘操传开，而后又有天元、地元、人元之分，门派有南、北、中、东、西之传。天元丹法，后世一般指北宗龙门派的清修功夫，但传统上将服食后可立地飞升的外丹称天元神丹。人元丹法．后世一般指南宗男女栽接的阴阳双修功夫，但也有人将南北宗性命双修的丹法统称为人元大丹者口地元丹法，一般指外丹黄白术，称地元灵丹。内丹各门派，皆推源于伏羲、黄帝、王乔、赤松、老子口一派自称传自关尹子（文始真人），号文始派，由陈拎传火龙真人。另一派依托东华紫府少阳帝君王玄甫（汉代人），称少阳派，自称白王少阳传钟离权，钟离权传吕洞宾．后开南北宗诸丹派。文始派以虚无为宗，属无上至真之妙道，顿超直人，修性而兼修命，乃天元丹法．少阳派主张性命双修炼养阴阳，以有为法而至于无为法，次第分明，便于人手，流传甚广，故丹家有以文始派最高，以少阳派最大的说法。实际上这些众多的门派，从丹法上讲，略分两类，其一是阴阳双修的栽接法门，其二是清净孤修的胎息法门，其他不过是清修派和阴阳派的结合体而已。
内丹修炼程序由浅人深，又有鬼仙、人仙、地仙、神仙、天仙五等仙之别。内丹学称炼炁之术为命功，称炼神之术为性功。仅修性不修命者（包括修禅定者），虽有灵异神通，能出阴神为清灵之鬼，但不能延命，为鬼他；仅修命不修性者，虽能延年难老，而无灵异。只有性命双修的金丹大道，至小周天无漏功成便为地仙；逐次修来，直至出阳神，有无边神通，称为神仙；再到虚空粉碎，合道还虚，达最上一层天仙的境界。李道纯还将内丹功法分为旁门九品（内有属邪道的下三品，为采阴栽接的泥水丹法；属外道的中三品．为辟谷、服气、持戒、步斗等；属旁门的上三品，为定观、存摔、导引、搬精运气等）；渐法三乘（下乘安乐法门，中乘养命法门，上乘延生法门）；最上一乘（无上至真之妙道）等阶梯。内丹学南宗以张伯端为开山祖师。张伯端（987一1082）晚年得道，著《悟真篇》，将《周易参同契》的内丹秘诀公诸于世。张伯端兼习清修丹法与阴阳丹法，但由于惧怕“天谴”，其男女栽接秘术不肯轻传，故将法诀隐于书中。张伯端传石泰（号杏林），石泰传薛道光（法号紫贤），薛道乐传陈楠（号翠虚．人称陈泥丸）,陈楠传白玉蟾（号海琼子，封紫清真人），被后世尊为南宗五祖。张伯端又传马自然、刘奉真等；刘奉真即刘永年，字广益，号顺理子，传丹法于翁葆光，翁葆光又传若一子，为阴阳双修法门。薛道光为修丹功，由僧还俗，所习亦为阴阳法诀。而白玉蟾之丹法则为清修派，门徒甚众，形成教团，其徒以萧廷芝、王金蟾、彭耗、留元长、洪知常、桃源子、林自然等较为著名。
南宗丹法与北宗相较，在性命双修的前提下较重命功，其丹法先修命后修性，先术后道，形成一套次第分明的人体系统工程。南宗阴阳派认为男子一身皆属阴．故其所传阴阳栽接功夫，在炼精化炁一步，主张由彼家身上采取先天一炁之坎中阳艾，和自家离中真阴合而成丹。陆彦孚、戴同甫、陆子野、甄九映、陶素招、李文烛、彭好古、仇兆鳌、傅金锉等皆主阴阳丹法，尊奉《参同契》和《悟真篇》，遂使阴阳丹法成为南宗特色。
北宗创自金代全真教祖王重阳。王重阳（1112一1170)48岁于甘河镇上遇异人授丹诀．乃于终南县南时村“活死人墓”中炼养三年丹成。后王重阳东游山东半岛传道，收马压（号丹阳子，创遇山派）、谭处端（号长真子，创南无派）、刘处玄（号长生真人，创随山派）、丘处机（号长春子，开龙门派）、王处一（号玉阳真人，开箭山派）、郝大通（号广宁真人，开华山派）、孙不二（马压之妻，号清静散人，开清静派）。王重阳所创内丹为禅道结合的清修法诀。北宗丹法先性功后命功．重在性功，以丘处机的龙门派为代表。其法诀在于降心炼性，把断眼耳口鼻四门，不令外景人内，使心如止水，性似明镜，凝合神炁，回光寂照，以改造人体素质。王重阳及全真七子皆用了数年时间静坐修道，道成之后皆开发出人体潜能，个中秘诀，大约就在“活死人”三个字上。全真道乃融汇儒释道三教之道，内丹北宗亦汲取了禅宗、密宗、瑜伽功夫的长处，对南宗内丹功夫有所革新和发展。然而南北宗丹法既同源于钟吕内丹系统，则在本质上是统一的，都是对人体精气神的凝炼工程。实际上北宗马压、刘处玄皆习过男女双修丹法。自马迁、宋德方、李双玉、张紫阳，到赵友钦（缘督子）、陈致虚一脉相传，为北宗主阴阳双修的支派。
元初全真道士李道纯，字元素，号清庵，别号莹蟾子，住扬州仪真长生观，著《中和集》、《三天易髓》等书，创内丹中派．中派以内丹学解《中庸》、《心经》等儒释之书，采用禅宗打坐、参究诸手段，追求明心见性。李道纯以“守中”一着为丹法要诀，以为天地有天地之中，人身有人身之中，守人身之中，以应天地之中，便是天人合一之要旨。人心若与天心合，颠倒阴阳只片刻。这“中”字便是玄关，识得中字，守中致和，自然虚极静笃，明心见性，直超圆顿。中派丹法乃是一种明心见性的清修功夫，清末道士黄元吉，著《乐育堂语录》、《道德经注释》、《道门语要》，以守中为一贯功夫。黄元吉认为渐法修炼自炼精化炁人手，舍守中一着功夫，别无二途可循。明代所传丹经《性命圭旨》，亦含守中要诀。
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